Wanneer een productiesysteem in open verbinding met de omgeving staat, kunnen ziektes en parasieten makkelijk overspringen op wilde soortgenoten (en omgekeerd). Gekweekte vissen kunnen ontsnappen en vervuild water en meststoffen kunnen zich makkelijk verspreiden in zee. Kweeksoorten zijn door hun selectie op groei-eigenschappen vaak genetisch ander en armer dan hun wilde soortgenoten. Als kweeksoorten kruisen met wilde soorten kunnen wilde varianten verdwijnen.
 

Bij intensieve teelten wordt extra voer toegediend. Voor plantenetende soorten als karpers is dat niet zo’n probleem. Maar veel commercieel belangrijke soorten, zoals zalm, heilbot en tarbot, zijn carnivoor en hebben veel vismeel (=eiwit) en visolie (=belangrijke vetten) nodig om snel te groeien. De visvoerindustrie maakt het vismeel en visolie uit wilde vis. Die wordt lang niet altijd even duurzaam gevangen. De allergrootste visserij ter wereld, de anchoveta-visserij in Peru en Chili (ruim 11 miljoen ton) is een zogenaamde industrievisserij.

De viskweek is, samen met de intensieve veehouderij (daar gaat ook veel vismeel naar toe), mede verantwoordelijk voor overbevissing van een aantal soorten die niet voor directe consumptie geschikt zijn.
 

In de tropen zijn vooral voor de kweek van grote garnalen bassins aangelegd in de kustzones. Deze vijvers zijn gesloten systemen, maar het vervuilde, zoute water uit de bassins wordt onbewerkt geloosd in kanalen, rivieren en de zee wat een negatieve impact kan hebben op de natuurlijke omgeving. Kustgebieden zijn over het algemeen ecologisch belangrijke gebieden en de natuurlijke begroeiing (vaak mangroven) wordt vaak gekapt om de vijvers aan te leggen. Deze begroeiing beschermt niet alleen het achtergelegen land, maar is ook een broed- en opgroeigebied voor allerlei soorten vis en vogels.
 

Kleine schelpdieren (zaad) worden uitgezaaid op ‘bodempercelen’ in het water. Het zaad groeit op tot consumptieformaat doordat zij algen uit het wateren filteren.
 

Vorm van gesloten systeem, waarbij het water (bijv. uit een rivier) aan de ene kant het bedrijf in stroomt, en via bassin naar bassin doorstroomt naar de afvoer van het bedrijf. Het water wordt veelal (beperkt) gezuiverd voor lozing. Het is een kweeksysteem die vaak wordt gebruikt voor forel.
 

Sommige soorten schelpdieren kunnen zich hechten aan touwen of kousen die in het water hangen. De touwen of kousen zijn bevestigd aan drijvende constructies. Door de touwen om hoog te halen kunnen na verloop van tijd de schelpdieren geoogst worden.
 

Teelt van vis vindt plaats in tanks of bassins op land. Gesloten systemen maken het mogelijk om productiefactoren als temperatuur, hoeveelheid, zuurstof, ph en afvalstoffen in het water nauwkeurig te controleren en te optimaliseren.
 

De kooien in zee staan model voor de moderne aquacultuur die sinds 1980 opgekomen is. De zalm is de vissoort die een commercieel succes is geworden in dit soort productiesystemen. De kooien hangen op relatief beschutte plekken in zee zoals de fjorden van Noorwegen, Schotland, Canada en Chili. De meststoffen die vrij komen, komen direct vrij in de zee.
 

Systeem dat lijkt op kooien in zee, maar dan in zoet water (zie FAQ Kooien in zee, intensief).
 

Specifieke vorm van een gesloten systeem. Het water wordt rondgepompt en gezuiverd via biologische filters. Recirculatiesystemen maken het mogelijk om productiefactoren als temperatuur, hoeveelheid, zuurstof, ph en afvalstoffen in het water nauwkeurig te controleren en te optimaliseren.Het totale waterverbruik is laag. Het water wordt meestal gezuiverd voordat het wordt geloosd. Nederland heeft de afgelopen jaren veel kennis opgebouwd over recirculatiesystemen.